Os fungos são classificados num
reino separado das
plantas,
animais e
bactérias. Uma grande diferença é o facto de as células dos fungos terem
paredes celulares que contêm
quitina e
glucanos, ao contrário das células vegetais, que contêm
celulose. Estas e outras diferenças mostram que os fungos formam um só grupo de organismos relacionados entre si, denominado Eumycota (fungos verdadeiros ou Eumycetes), e que partilham um
ancestral comum (um grupo
monofilético). Este grupo de fungos é distinto dos estruturalmente similares Myxomycetes (agora classificados em
Myxogastria) e
Oomycetes. A disciplina da
biologia dedicada ao estudo dos fungos é a
micologia, muitas vezes vista como um ramo da
botânica, mesmo apesar de os estudos genéticos terem mostrado que os fungos estão mais próximos dos animais do que das plantas.
Abundantes em todo mundo, a maioria dos fungos é inconspícua devido ao pequeno tamanho das sua estruturas, e pelos seus modos de vida crípticos no solo, na matéria morta, e como
simbiontes ou
parasitas de plantas, animais, e outros fungos. Podem tornar-se notados quando
frutificam, seja como cogumelos ou como bolores. Os fungos desempenham um papel essencial na decomposição da matéria orgânica e têm papéis fundamentais nas trocas e
ciclos de nutrientes. São desde há muito tempo utilizados como uma fonte direta de alimentação, como no caso dos cogumelos e
trufas, como agentes levedantes no pão, e na
fermentação de vários produtos alimentares, como o
vinho, a
cerveja, e o
molho de soja. Desde a década de 1940, os fungos são usados na produção de
antibióticos, e, mais recentemente, várias
enzimas produzidas por fungos são usadas industrialmente e em detergentes. São também usados como agentes biológicos no controlo de
ervas daninhas e pragas agrícolas. Muitas espécies produzem compostos
bioativos chamados
micotoxinas, como
alcaloides e
policetídeos, que são tóxicos para animais e humanos. As estruturas frutíferas de algumas espécies contêm compostos
psicotrópicos, que são consumidos
recreativamente ou em
cerimónias espirituais tradicionais. Os fungos podem decompor materiais artificiais e construções, e tornar-se
patogénicos para animais e humanos. As perdas nas colheitas devidas a doenças causadas por fungos ou à deterioração de alimentos podem ter um impacto significativo no
fornecimento de alimentos e nas economias locais.
O reino dos fungos abrange uma enorme diversidade e
táxons, com ecologias, estratégias de
ciclos de vida e
morfologias variadas, que vão desde os
quitrídios aquáticos unicelulares aos grandes cogumelos. Contudo, pouco se sabe da verdadeira
biodiversidade do reino Fungi, que se estima incluir 1,5 milhões de espécies, com apenas cerca de 5% destas formalmente classificadas. Desde os trabalhos
taxonómicos pioneiros dos séculos XVII e XVIII efetuados por
Lineu,
Christiaan Hendrik Persoon, e
Elias Magnus Fries, os fungos são
classificados segundo a sua morfologia (i.e. caraterísticas como a cor do esporo ou caraterísticas microscópicas) ou segundo a sua
fisiologia. Os avanços na
genética molecular abriram o caminho à inclusão da
análise de ADN na taxonomia, o que desafiou por vezes os antigos agrupamentos baseados na morfologia e outros traços. Estudos
filogenéticos publicados no último decénio têm ajudado a modificar a classificação do reino Fungi, o qual está dividido em um sub-reino, sete filos e dez subfilos.